注意隔离、避免交叉感染，冲洗眼睛，保持眼部的开放和清洁。 不要包扎患眼，防止病情加重。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
针对不同的病因，采用不同的药物治疗。
使用抗生素治疗。多数患者只需使用局部滴眼液即可控制病情，病情严重者要全身使用抗生素。
流行性角结膜炎、流行性出血性结膜炎无特异性药物；单纯疱疹病毒性结膜炎可局部应用抗单纯疱疹病毒的药物，阿昔洛韦、更昔洛韦滴眼剂滴眼。
急性期口服阿奇霉素，可采用20mg/kg阿奇霉素单次给药方式；或口服阿奇霉素（每周一次，共3周）的方案；眼局部治疗应选择四环素、红霉素、磺胺类眼药。
药物剂型不同，用法和适应症也有所不同。
最常用的方法。细菌感染引起的要用抗菌药物，病毒感染则使用抗病毒药物滴眼，必要时要根据病原体培养和药敏试验选择有效的药物。急性期应频繁滴用滴眼剂，每1~2小时1次。病情好转后可减少滴眼次数。
眼膏在结膜囊停留的时间较长，由于会造成视力模糊，宜睡前使用，可发挥持续的治疗作用。
当结膜囊分泌物较多时，可用无刺激性的冲洗液冲洗，每天1~2次，以清除结膜囊内的分泌物。
严重的结膜炎（淋球菌性结膜炎和衣原体性结膜炎等）除了局部用药外还需全身使用抗生素。
该疾病一般无需手术治疗。
该疾病的中医治疗暂无循证医学证据支持，但一些中医治疗方法或药物可缓解症状，建议到正规医疗机构，在医师指导下治疗。
滴眼药水时应注意：眼药水的瓶口不要接触眼睛和分泌物，防止病原体污染瓶口感染其他人；当只有一只眼发病时，滴眼药时应偏向患病的眼，防止健康的眼睛受感染；用药的量和方法需谨遵医嘱，不能私自修改。
