甲沟炎确诊后，医生会根据甲沟炎的病因和类型、炎症影响的范围、脓肿是否形成等，制定不同治疗方案，主要包括药物治疗、手术治疗。
症状较轻者，每天用温水泡手或脚3~4次，每次浸泡20分钟。可添加双氧水（1:1溶液）,有助于减轻疼痛和肿胀。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
急性甲沟炎有轻微炎症反应而无脓肿者，可用醋酸铝溶液或氯己定溶液冲洗。
慢性甲沟炎患者，可局部外用抗真菌药或联合局部使用激素类药物。常用外用抗生素药膏有莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、复方多粘菌素B软膏。
甲沟炎初期可口服或肌内注射抗生素，但充分切开引流后不必再用。
如感染向周围组织扩散，则应给予系统抗生素治疗，常用抗革兰氏阳性葡萄球菌抗生素；如果做脓培养检查，可根据体外药敏结果选择敏感的抗生素。
适用于急性甲沟炎有明确的脓肿形成、保守治疗失败或者炎症广泛累及甲小皮者。
沿甲沟旁纵行切开引流脓液。对于甲根处的脓肿，需拔除一部分甚至全片指（趾）甲。但是拔甲创伤较大、甲床暴露时间长、疼痛明显，且新生指（趾）甲容易变形，因此容易复发。
遵医嘱做血常规、凝血功能检查等。高血压、心脏病、糖尿病患者应提前告知医生，待血压控制、心脏功能改善、血糖控制至正常方能手术。和医生进行充分的沟通，说明自己担心的问题，做好心理准备。
适用于慢性甲沟炎反复发作者。
鱼石脂软膏、金黄散等中药可早期局部外用，有消毒、收敛作用。
超短波、红外线治疗：适用于甲沟炎初期没有化脓时，可局部应用，并配合药物治疗。
