未经诊治的甲状腺功能减退会影响心脏、神经、生殖系统，发生心力衰竭、抑郁症、周围神经病变、不孕不育、出生缺陷等并发症。当发生黏液性水肿昏迷时，若不及时抢救将危及生命。
原发性甲减时，为了升高体内甲状腺激素，甲状腺受到持续刺激以释放更多激素，可能会导致腺体变大，称为甲状腺肿。肿块较大时会影响吞咽或呼吸。
甲状腺功能减退可能会引起血脂异常，增加心血管疾病的风险。甲减还可造成心包积液、心脏功能减退等。
如抑郁症，可能与甲状腺功能减退导致的神经兴奋性下降有关。
可能在受影响的区域引起疼痛，麻木和刺痛。
是甲减的严重状态，多由感染等因素诱发。除有严重的甲状腺功能减低表现外，还可能出现低体温、嗜睡、意识不清甚至昏迷，最终可能导致多器官功能障碍综合征和死亡，其病死率可达20%。
及时识别诊断、积极去除诱因、甲状腺激素治疗和其他支持措施至关重要。
低水平的甲状腺激素会干扰排卵，从而影响生育能力。此外，甲状腺功能减退的一些原因，如自身免疫性疾病，也可能会影响生育能力。
未经治疗的甲减女性所生的婴儿出生缺陷的风险更高，也更容易出现严重的智力障碍和发育问题。
