根据患者有结核病病史，出现午后低热、盗汗、脊柱活动障碍、畸形等症状，查体可见局部压痛、叩痛，结合实验室检查可见结核分枝杆菌，CT清楚显示病灶部位、范围、骨质破坏的严重程度，以及椎旁脓肿等可明确诊断。
脊柱结核与脊柱退行性病变、脊柱肿瘤、强直性脊柱炎都属于脊柱病变，需加以鉴别：
常见于颈椎与腰椎，表现为患处慢性疼痛或合并有所属神经根受累表现，患者体温和血沉正常。X线片椎间隙狭窄，邻近椎体上、下缘硬化或有增生改变，椎旁无软组织改变。MRI可有水肿、脂肪变和骨质硬化，但信号多均匀。而脊柱结核患者的体温和血沉都会升高。
当脊柱结核影像学表现为某个椎体或几个不连续节段受累时， 容易误诊为脊柱肿瘤， 但脊柱肿瘤很少累及椎间盘组织，此外，还可通过结核菌素试验等加以鉴别。
强直性脊柱炎和脊柱结核均可有脊柱运动受限、血沉增快、骶髂关节炎症状，但无全身中毒症状，X线检查看不到死骨和破坏，胸椎受累后可出现胸廓扩张受限等表现。可鉴别。
