若治疗不彻底，可有部分患者会遗留肾萎缩或形成皮质瘢痕等后遗症，影响肾发育。
常见于血行性肾盂肾炎，细菌和毒素进入血液出现脓毒症休克，发生几率很大，早诊断，及时控制感染，防止革兰阴性杆菌侵入血液循环可预防脓毒症休克的发生。
由于严重的急性肾盂肾炎直接扩展而来，发生几率较大，及时治疗控制感染，防止肾挫裂伤，平时多喝水，多排尿，多运动，多锻炼，可以预防肾周脓肿的形成。
因尿路梗阻导致的急性肾盂肾炎，若不及时采取措施治疗梗阻，可反复感染，转为慢性肾盂肾炎，严重者发生肾功能损伤，导致肾衰竭。预防措施是早期及时治疗尿路梗阻为主。
