甲真菌病的诊断依据临床表现及真菌学检查(镜检和培养)而确定。本病需和以下甲病鉴别。
1.银屑病甲病 躯干肢体有银屑病皮损，甲板为顶针甲，甲分离，甲增厚，甲混浊，甲变色，真菌学检查阴性。
2.甲扁平苔癣 扁平苔癣可侵犯甲板，形成甲板变形、甲板萎缩，根据全身皮损，甲板改变及真菌学检查可以鉴别。
3.慢性湿疹 身体其它部位有湿疹样改变，常侵及掌跖、指、趾，甲板灰暗，有纵横嵴沟，真菌检查阴性。
4.白甲症 表现类似浅表白色甲真菌病，但表面光滑，白色云雾样改变见子甲板中，真菌检查阴性。
5.先天性厚甲病有家族史，自幼发病，甲板变厚、混浊，但甲板光滑，真菌检查阴性。
