若明确为皮肤癣菌感染所致，口服药主要考虑
特比萘芬和
伊曲康唑；外用药物方面，中国国内市场上目前仅有5%阿莫罗芬搽剂，抗菌谱较广，可单独或联合口服药物使用。
甲癣治疗方案的选择取决于综合因素，包括感染类型及严重程度、病原菌的种类、患者年龄、健康状况及遗传因素、甲的生长速度、经济能力、依从性，药物相互作用和禁忌证等。
就诊时向医生陈述病情要点有利于医生作出最适合患者的个体化治疗方案。
应用局部药物治疗甲癣的指征包括：
- 远端受损甲板＜50%；
- 无甲母质受累；受累指甲、趾甲数目＜4个；
- 不能耐受口服药物治疗。
局部治疗的主要问题是药物不能很好渗透至整甲因而疗效有限。5%阿莫罗芬搽剂对于累及甲母质的甲癣治愈率不高，对于甲母质受累的甲癣患者则可以与口服药物如伊曲康唑和特比萘芬联合使用，联合治疗比单一治疗具有更宽的抗菌谱，且有一定的治疗协同作用，可以明显提高治愈率，降低不良反应发生的风险。
除了适于外用药物治疗的甲真菌病以外，各型甲真菌病可选用系统药物治疗，主要口服抗真菌药物包括特比萘芬、伊曲康唑和氟康唑。这些用药均须在皮肤科医务人员指导下进行。
推荐特比萘芬连续疗法治疗甲癣，成人剂量250mg，口服，每天1次，疗程一般指甲癣为6～9周，趾甲癣为12～16周。
采用伊曲康唑治疗，推荐间歇冲击疗法，成人剂量200mg，口服，每天2次，餐后即服或餐时用纯牛奶（脂溶性）或可乐（酸性）服用可增加溶出度，促进药物吸收入血，连续服用1周后停药3周为1个疗程，总疗程一般手指甲2～3个疗程，足趾甲3～4个疗程。
另一种抗真菌药氟康唑，其治疗甲癣的临床和真菌学治愈率均明显低于伊曲康唑或特比萘芬，加之其治疗甲真菌病的临床资料较少，故一般不推荐用于甲真菌病的一线治疗。
有些类型的甲癣如远端甲板受累、黄斑条纹甲（可能存在皮肤癣菌瘤）、
嵌甲和甲板厚度＞2mm时，局部清除病甲是必要的。但由于手术拨甲损伤较大，则仅限于不伴有手足癣、单个甲癣的治疗。目前这类治疗比较少见。
除病甲之前，可用20%～40%尿素或20%尿素加10%水杨酸软膏封包，待甲板软化后再予拨除。病甲清除术很少单独应用，通常用于外用药物、口服药物和激光等联合治疗中。
激光具有高靶向性、高能量的特点，能使病甲局部接受较高密度的能量并能够对病原菌有一定的抑制作用，较少对正常组织造成损伤，可以避免药物治疗的一些不良反应，可能作为非药物性治疗的一个选择。但激光治疗尚缺少系统的临床与实验研究，机制及安全性尚未完全明确，临床使用范围有限。
光动力治疗，利用光敏剂结合一定波长的红光进行照射，产生
氧自由基等杀伤病原微生物，从而达到治疗目的。离子导入是利用低电流让局部药物更好的渗透进入甲板和周围的组织提高治疗疗效，但这种方法难以穿透甲板全层。
以上非药物疗法就目前的临床效果来看，都不及口服抗真菌药物的疗效，仅作为辅助治疗或替代治疗的选择。
联合治疗包括口服药物和局部外用药物的联合，口服药物和（或）外用药物与非药物治疗的联合。一般在甲板受累面积较大（＞50%）、甲母质受累或单一治疗失败时可考虑联合治疗。
甲癣可发生于任何年龄人群，还可能合并多种其他疾病。
儿童甲真菌病虽然发病率不高，单纯局部用药即可以获得较好的疗效。口服药物对儿童安全性还有待研究，需要详细了解病情后谨慎使用。
老年人是甲真菌病的高发人群，由于老年人甲生长速度慢，且多合并其他慢性病，用药疗程需更长，同时因为老年人合并用药较多，系统用药时需要详细咨询医生，避免药物间的互相作用。
糖尿病患者、器官移植者和HIV感染者等免疫功能受损者容易出现甲真菌病，此类患者因接受多种药物治疗，在选择治疗甲真菌病药物时要尽可能避免药物之间的相互作用。
孕妇应避免口服抗真菌药物治疗。
该疾病一般无需手术治疗。
该疾病的中医治疗暂无循证医学证据支持，但一些中医治疗方法或药物可缓解症状，建议到正规医疗机构，在医师指导下治疗。
