1.直接镜检 取材很重要，要刮到病灶处甲屑，DLSO型需刮到甲板病变和正常甲板交界处的甲下碎屑，PSO型可采取近端甲板下碎屑，可用环钻或刮刀刮取角层到病变活动处。SWO型取材于甲板浅表部位的甲屑，但有时真菌位于甲板中间。如甲屑检查反复阴性，则可剪除病甲，浸泡于20%KOH中，室温溶解15-20分，使甲板变软，压碎镜检，可见于甲板中的真菌菌丝孢子。 　　镜检一般只能确定真菌感染而不能辨别菌种，但皮肤癣菌常见条状菌丝及关节孢子，念珠菌为成团孢子和假菌丝，短帚霉为成群大孢子。浅表白色甲真菌病如为曲菌感染，可见分生孢子头。

　　2.培养 可确定致病菌种。如怀疑糠秕马拉色菌需用含油脂培养基培养

　　3.病理 用于直接镜检和培养阴性，但临床高度怀疑的病甲。

　　病理检查除协助诊断外，对真菌分类有一定帮助。如皮肤癣菌多侵犯甲板中下层，菌丝沿甲板平行生长，可见关节孢子。念珠菌多侵犯甲板全层，有成群孢子及假菌丝。霉菌多见于甲板浅层，菌丝粗大不规则，有隔，色泽不均匀，排列紊乱。糠秕马拉色菌见颈圈的孢子。浅表白色甲真菌病的病理可见短的节状真菌体，虫蚀样或腕骨状改变，有时可见孢子头。