医生会进行详细的病史采集和体格检查。
医生会对小肠病变进行胃肠钡餐检查，对结肠病变行钡剂灌肠检查。X线有很多特征性表现，有助于诊断。
对诊断腹腔脓肿有重要价值，小肠和结肠的CT成像可以帮助医生了解病变分布、肠腔的狭窄程度、肠壁增厚和强化等改变，有利于克罗恩病的诊断及鉴别诊断。
小肠和结肠的磁共振成像（MRI）除可以帮助医生了解病变分布、肠腔的狭窄程度、肠壁增厚和强化等改变外，新技术磁化传递成像还有助于区分病变肠道的炎症与纤维程度，有利于指导克罗恩病的治疗。
可以诊断早期腹腔脓肿及发现病变的肠段，操作较其他方式更加方便。
以点剪切波弹性成像（p-SWE）为代表的新一代弹性成像技术有独特应用，通过人体材料力学和影像学综合分析，对诊断炎症造成的肠道狭窄有重要意义。
消化道内镜检查加上病理组织活检是诊断克罗恩病的重要依据。
可检查全结肠及回肠末段，医生在结肠镜直视下观察病变，可见特征性改变，还可在病变部位取活检，可以较为准确地识别克罗恩病的早期病变特征，并评估其病变范围及严重程度。由于本病可累及肠道全层，医生有时需使用结肠镜与X线相结合的检查方法。
是安全、无创的小肠检查手段，医生可以观察传统X线下不能发现的早期微小肠道黏膜病变。
是有创的检查方法，可进行活检，适用于小肠明显狭窄、不宜行胶囊内镜检查的患者。
