结合病史、临床表现，以及实验室检查明确损害组织中存在的病原菌，即可诊断为口腔念珠菌病。临床中常用的念珠菌实验室检测方法包括涂片检查病原菌、分离培养、免疫学和生化检验、组织病理学检查、基因诊断等。
本病与球菌性口炎、口角炎、过角化性白色病变的临床表现有相似之处，医生将从多个方面进行详细检查进行判断。
球菌性口炎患者的黏膜充血、水肿相对较为明显，可以出现成片的灰黄色假膜，表面光滑、致密，且易被拭去，遗留糜烂面有渗血，患者还可有区域淋巴结肿大或其他全身反应。
按病因可分为创伤性口角炎、过敏性口角炎、感染性口角炎（如球菌性口角炎）和营养不良性口角炎（如维生素B2缺乏性口角炎）。维生素B2缺乏性口角炎为双侧口角糜烂皲裂，可有渗出和出血，可伴有舌炎、唇炎、脂溢性皮炎等，而念珠菌性口角炎的病损以湿白糜烂为特征。
多为单侧发生，表现为口角区的潮红、糜烂，有黄白色的分泌物覆盖。
表现为白斑、扁平苔藓等过角化性斑纹类疾病，多为慢性病程，且白色损害不能拭去。
