不孕是早发性卵巢功能不全最严重的并发症。在极少数情况下患者可自然怀孕，但是自然流产和胎儿染色体异常的风险相对较高。
雌激素有助于保持骨骼的强壮。雌激素水平低的女性患骨质疏松症的风险更高，早发性卵巢功能不全的女性更易出现骨折。
雌激素水平降低会导致不孕，并增加其他并发症的风险，会使部分女性患者变得抑郁或焦虑。
早期雌激素水平降低可能会增加心脏病的患病风险。
雌激素缺乏可能会导致一些患者出现痴呆的症状。
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