流感病毒如侵及下呼吸道，可引发原发性病毒性肺炎。
部分重症患者还可能合并有细菌、真菌等病原体的感染，严重者可出现急性呼吸窘迫综合征（ARDS）。
包括脑膜炎、脑炎、脊髓炎、吉兰-巴雷综合征等。
包括心肌炎、心包炎等，严重者可出现心力衰竭。
此外，感染流感病毒者，心肌梗死、缺血性心肌病相关的住院、死亡的风险明显增加。
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