确诊尿道肉阜需依据病理检查，以免误诊。
尿道息肉可脱出于尿道口外，其为鲜红色肿块，但肿块基底不是附着于尿道口处，而是有蒂与尿道深部相连。
尿道黏膜脱垂也表现为尿道口肿块，病患处呈紫红色，肿块呈环形或半环形围绕尿道口，但其肿块不伴有疼痛或触痛，肿块中央有腔隙可插入导尿管。
该病好发于尿道口下唇，病患处呈蓝紫色隆起样改变，触痛明显。
患者常合并有栓塞性痔。
该病可自行消退，而尿道肉阜不会自行消退。
老年性尿道炎的尿道口病变为黏膜红肿、颗粒样变，尿道前唇外翻，而非有鲜红色肉阜样肿块突出，老年性尿道炎用雌激素治疗有效。
尿道癌可于尿道口处出现局限性肿块，但与尿道肉阜不同的是，尿道癌肿块质地较硬，呈浸润性增长，患者可有腹股沟淋巴结肿大或远处转移征象，活组织检查可明确其性质。
