诊断乳糜泻的金标准为肠道活检小肠绒毛异常，包括小肠绒毛萎缩、隐窝增生、上皮内淋巴细胞增加，以及绒毛高度和隐窝深度的比值降低。血清学检测也常常具有提示作用，如IgA-tTG升高、EMA阳性等。
由于乳糜泻的症状与许多胃肠道其他疾病相似，且乳糜泻的组织学病变也可在其他疾病中见到，需要与以下疾病鉴别。
此类患者会表现为长期拉肚子，也就是腹泻，这与乳糜泻的慢性腹泻较为类似，应当与之鉴别。
此类患者主要表现为不明诱因腹痛、腹泻、营养障碍等症状，与乳糜泻的腹痛、腹泻症状类似，不同的是克罗恩病患者可能会存在腹部包块、瘘管、发热等症状，应当与之鉴别。
