治疗的总目标是去除病因，控制症状，促进溃疡愈合、预防复发和避免并发症。治疗以药物治疗或手术治疗为主, 以健康教育、饮食调节、心理护理等为辅。
生活要有规律，工作宜劳逸结合，避免过度劳累和精神紧张，保持心情愉悦、情绪乐观向上。进餐要定时，防止饥饱过度，避免辛辣生冷、过咸食物及浓茶、咖啡等刺激性饮食物，戒除烟酒等不良习惯。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
疗效好，价格便宜，用药方便，长期使用不良反应少，常用药物包括雷尼替丁、法莫替丁、西咪替丁等。
有较强的抑制胃酸分泌的作用，是治疗溃疡的首选药物，常见的药物包括艾司奥美拉唑、奥美拉唑、兰索拉唑等。推荐疗程为4~6周。服用4周PPI，十二指肠溃疡的愈合率可达到90%~100%。
但有证据显示长期使用可导致胃内细菌过度生长，伪膜性肠炎的感染风险及肺炎的发生率等增加，故应注意遵医嘱规范用药，避免滥用。
可中和胃酸或直接覆盖溃疡面以阻断胃酸的消化，包括铝碳酸镁、磷酸铝、硫糖铝、氢氧化铝、枸橼酸铋钾、胶体果胶铋等。
Hp阳性患者需行根除Hp及抗溃疡治疗，《第五次全国幽门螺杆菌感染处理共识报告》推荐，初次治疗予以质子泵抑制剂+铋剂+两种抗菌药物的四联疗法，疗程为10~14天，有效根治率达90%。
由于Hp感染存在各地区耐药性的差异、不同个体及Hp对抗生素的敏感性不同，选择抗菌药物时需充分考虑当地药物的耐药特性，进行个体化的精准治疗。
停服NSAIDs，采用抗溃疡药物治疗。如果不能停服NSAIDs，推荐合并使用PPI防止溃疡的发生。
既往有报道使用米索前列醇，但因不良反应率稍高，疗效不确定，目前临床较少使用。
若患者同时有Hp阳性，应用NSAIDs时，建议根除Hp，防止溃疡的发生。
建议予以质子泵抑制剂治疗。
一般情况下十二指肠溃疡无需手术治疗，仅在出现并发症且内科治疗无效的情况下需要进行手术治疗。
具体包括：并发消化道大出血后经药物、内镜及血管介入等治疗无效时，急性穿孔、慢性穿透性溃疡、瘢痕性幽门梗阻且内镜治疗无效时。
中医认为本病属“胃痛”、“胃脘痛”、“痞满”、“反胃”、“反酸”、“呕血”、“便血”等范畴, 其发病与情志和饮食所伤关系密切。中医辨证多属寒热夹杂、气血失和占大多数，而气机阻滞、 升降失调是其共同特征。药理研究，大黄、白芨、乌贼骨等均有止血作用。
