CT检查能确切显示囊腔形态、范围及走向。
哑铃型或口外型舌下腺囊肿的CT检查显示囊肿主体部分在下颌下区，而其余部分绕过下颌舌骨肌后缘伸向舌下间隙，CT检查可作为诊断舌下腺囊肿的依据。
口外型舌下腺囊肿由于位置特殊，易误诊漏诊，而MRI检查能明确舌下腺囊肿与下颌舌骨肌之间的关系以及囊肿的走行方向。因此，MRI比CT能更良好地显示口底囊性病变的特征。MRI是无创检查，更容易被患者接受；对于患儿，其比穿刺、造影及CT检查均有优势。
穿刺+淀粉酶测定试验是舌下腺囊肿重要的检查手段，可作为与颈部囊性病变鉴别诊断的依据。
舌下腺囊肿穿刺显示：囊肿内容物为蛋清样黏稠液体，可拉成长丝，这是其独特的临床特点；囊液含有丰富的淀粉酶，且淀粉酶测定试验阳性。穿刺失败可能与穿刺方法、囊液量少、病变位置较深、患者不能配合等有关。在B超引导下穿刺，可提高穿刺的成功率，并减少误诊。
术后组织病理学检查可进一步明确诊断。
综上，口内型和哑铃型舌下腺囊肿可根据其临床特征较容易做出诊断；而口外型舌下腺囊肿主要表现为在下颌下区的肿物，口底区无任何体征，肿物缓慢且无痛性增大、触诊柔软，易与下颌下区其他肿物相混淆，给临床诊断带来一定的困难。
