生殖器疱疹的并发症与HSV的局部蔓延和血行播散有关，多发生在原发性感染时，女性患者比男性更易出现并发症。
包括疱疹性脑膜炎、自主神经功能障碍、横断性脊髓炎和骶神经根病。
表现为发热、头痛、呕吐、怕光。症状通常出现在生殖器皮损发生后3~12日，经过2~4日发展后症状最明显，此后2~3日症状逐渐减轻。免疫功能正常的患者疱疹性脑膜炎预后较好，脑炎的症状和体征少见，神经系统后遗症极少发生。
表现为会阴部、腰背部和骶尾部感觉过敏或麻木、尿潴留和便秘，多数患者的症状在4~8周内逐渐缓解。
少数患者可发生，表现为深部腱反射减退，四肢肌力下降。
亦较少发生，表现为骶尾部胀痛、不适或麻木感。
少数原发性HSV感染者的躯干和四肢可出现广泛分布的播散性水疱，播散性皮肤感染常发生在疱疹出现的早期，并常引起疱疹性脑膜炎、肝炎、肺炎或关节炎，少数患者可出现血小板减少症和肌红蛋白尿。
怀孕期间、特应性皮炎患者、免疫缺陷者，播散性HSV感染的可能性较大。
通常出现在生殖器皮损出现后的第2周，女性患者更易发生，是一种常见并发症。最常见于臀部、腹股沟和大腿，手指和眼部也可受累。
少数生殖器HSⅤ感染者可岀现局部蔓延。在女性，可蔓延扩散至子宫腔和输卵管，引起盆腔炎症状，表现为下腹痛、子宫附件触痛。在男性，可蔓延扩散至前列腺，引起无菌性前列腺炎，表现为小腹胀痛、会阴坠胀、龟头刺痛等。
指在HSV感染的同时又发生其他病原体感染。女性多见，常发生于疱疹发作的第2周。免疫功能正常的生殖器疱疹患者发生细菌性重复感染少见，并发念珠菌感染者多见，表现为念珠菌性外阴阴道炎。
部分患者可于疱疹的皮损处合并念珠菌感染，往往会影响皮损的愈合。
