本病的病原体为单纯疱疹病毒（HSV）。HSV可分为1型单纯疱疹病毒（HSV-1）和2型单纯疱疹病毒（HSV-2），约90%生殖器疱疹由HSV-2引起。近年来口-生殖器性交方式导致HSV-1感染增加，约占10%~40%。
生殖器疱疹可由HSV-1或HSV-2感染引起，以HSV-2引起者多见，HSV-1多引起口唇疱疹，也可通过口腔传播到生殖器。
性交时，带毒方的病毒可直接接种于包皮、龟头、宫颈、外阴、肛门和口咽黏膜表面，也可通过生殖器或肛门皮肤黏膜摩擦后出现的微小裂隙及损伤处进入易感者的皮肤黏膜。
此外，母体感染HSV，可在子宫内传播给胎儿或分娩时经产道传播给新生儿。
HSV侵入人体后，会在皮肤的细胞内复制，引起局部炎症和坏死，出现原发感染的临床表现。皮损消退后，残留的病毒会留在神经细胞中潜伏起来，机体或皮肤受到损伤、酗酒、来月经、劳累、受寒、发热、抵抗力下降、压力等可使病毒再次活跃。
