由于白血病患儿免疫力低下，有感染卡氏肺囊虫的可能，因此通常建议长期服用复方磺胺甲噁唑（SMZco），以预防卡氏肺囊虫感染，直至化疗结束后3个月。在使用大剂量甲氨蝶呤24小时前，需停用复方磺胺异噁唑，直到用甲氨蝶呤后至少72 小时，甲氨蝶呤浓度小于0.4 μmol/L后，再开始服用复方磺胺异噁唑。
白血病患儿中性粒细胞偏低，可能会出现粒细胞缺乏合并感染，通常来势凶猛，进展迅速，因此需要及时给予初始经验性治疗，待病原体明确后，再进行针对性治疗。
一旦发生粒细胞缺乏伴发热，或者明显的粘膜炎症时，除了新碱类药物和糖皮质激素，其它化疗药物需暂时停药，直到体温正常、粘膜炎恢复、感染控制。如果使用门冬酰胺酶，医生会根据患者病情综合考虑使用。如果停药时疗程已经达到20天或以上，或者已经完成本疗程化疗的80%，则不用再追加化疗，否则需要补足疗程。
对化疗敏感的肿瘤在初始治疗时，会有大量肿瘤细胞溶解坏死，引起高尿酸血症、高磷血症、低钙血症、低镁血症及尿酸结晶堵塞肾小管等症状，严重时可能导致急性肾功能衰竭。
在急性淋巴细胞白血病的治疗中，由于该类型对化疗敏感，因此如果肿瘤高负荷，较容易发生肿瘤溶解综合征，需要积极预防。
通常，医生会使用别嘌呤醇、静脉水化、尿酸氧化酶等药物或方法来预防急性肿瘤溶解综合征。如果发生急性肿瘤溶解综合征，则需针对相应症状积极治疗。
在急性早幼粒细胞白血病患儿中，分化综合征是使用全反式维甲酸或砷剂后出现的常见并发症，一般在用药后2~3天发生，严重者可能有生命危险。
如果患儿同时存在以下3项或3项以上临床表现，则可能患上了分化综合征：外周血白细胞增高、呼吸困难、呼吸窘迫、发热、肺水肿、肺部浸润、胸腔积液或心包积液、周围性水肿、短期内体重增加（较同时段基础体重增加10%或以上）、骨痛、头痛、低血压、充血性心力衰竭、急性肾功能不全、肝功能异常。
如果患儿出现分化综合征，可以使用类固醇激素及其它缓解症状的药物进行治疗，并根据患儿病情调整全反式维甲酸和砷剂的用量。
蒽环类药物和砷剂可引起心脏毒性。
可引起急性心肌损伤和慢性心功能损害，前者为短暂而可逆的心肌局部缺血，可表现为心慌、气短、胸闷、心前区不适等。后者为不可逆的充血性心力衰竭，与药物累积剂量相关。
如果心功能检测提示心功能异常，且并非感染所致，需暂停使用蒽环类药物，直至心功能恢复。如果出现心肌损伤，可根据病情选择右丙亚胺（Zinecard）等药物进行治疗。
砷剂可引起心律失常。每一个砷剂疗程前，需要检查心电图，每1~2周复查心电图；若发现心律失常风险，需要纠正电解质紊乱，停用可能引起相关症状的可疑药物，并且至少每周复查一次心电图；
如果症状严重，则需对砷剂减量或停药；如果发生扭转性心动过速，应该永久禁用砷剂。
有些化疗药物对肝脏有毒性，临床表现为转氨酶或胆红素升高。因此，每个疗程前一般需要检查肝功能以确定是否可以按时化疗，维持治疗期间每4~8 周检查一次肝功能， 无特殊情况者可每12周检查一次。
目前市面上有一些“保肝药”，但其作用并不明确，国际上各大临床方案均不常规使用“保肝药”，也没有“保肝药”增加化疗安全性的报道。此外，“保肝药”可能会和化疗药物发生相互作用，增加化疗药物代谢的复杂性，因此不推荐使用辅助性“保肝药”。
化疗药物阿糖胞苷和长春新碱有神经毒性。
当阿糖胞苷相关的神经毒性症状非常明显，影响到患儿的正常生活时，需要调整治疗方案中阿糖胞苷的剂量。
长春新碱在使用时，如果出现持续存在的腹绞痛、步态不稳、严重的疼痛、抗利尿激素尿激素异常分泌（SIADH）等明显的中毒表现，则需减量使用，或者改用神经毒性较小的长春地辛。抗真菌药物（唑类）可增加新碱类药物的神经毒性，需谨慎同时使用。
阿糖胞苷对肺部有毒性，可能引起急性呼吸窘迫综合征，可能出现呼吸困难、低氧血症及胸部X线提示两肺浸润。有这种症状的患儿需要首先通过胸部CT和心脏超声检查排除肺部感染和其他化疗药物心脏毒性的可能性。
如果确定为阿糖胞苷导致的急性呼吸窘迫综合征，可用糖皮质激素进行治疗，推荐使用甲基强的松龙。有条件者可以邀请小儿肺科医生会诊。
肾毒性药物（如阿昔洛韦）可导致亚临床性肾功能异常。因此，如果患儿在使用大剂量甲氨蝶呤的同时服用这类药物，应视情况将肾毒性药物延迟到大剂量甲氨蝶呤20 小时以后，或者等甲氨蝶呤已经充分排泄后再给药。
门冬酰胺酶可能会引发过敏、胰腺炎和凝血功能障碍。
门冬酰胺酶过敏可表现为皮试阳性、皮疹、过敏性哮喘、过敏性休克、喉头水肿，或肌肉注部位红、肿、热、痛。严重过敏（3-4级）反应一般发生在用药后2~3小时内，因此用药后需要留院观察至少3小时。如果出现过敏反应，需立即停药，同时针对过敏反应的症状，使用抗组胺药、肾上腺素等药物进行治疗。
如果患儿出现疑似胰腺炎的腹痛，必须做腹部超声、CT或核磁共振（MRI）检查以确定是否为胰腺炎。如果确为胰腺炎，则需调整用药方案，并按胰腺炎对症治疗。
门冬酰胺酶对凝血功能有影响。如果患儿有明显的出血或血栓症状，并证实有明显凝血功能异常，可以输注相应的血制品。
化疗药物在清除白血病细胞的同时也会对正常造血产生影响。在使用蒽环类药物化疗前，血象应该达到以下标准：白细胞计数（WBC）≥2.0×109/L，中性粒细胞绝对数（ANC）≥0.8×109/L，血小板（PLT）≥80×109/L。
在儿童慢性粒细胞性白血病的酪氨酸激酶抑制剂治疗中，有如下建议：酪氨酸激酶抑制剂在最初治疗的６个月里可能会引起骨髓抑制。当中性粒细胞绝对值低于0.75×109/L，或血小板低于50×109/L，需停用伊马替尼，待中性粒细胞绝对值大于1×109/L后再重新开始用相同剂量的酪氨酸激酶抑制剂进行治疗。
如果患儿中性粒细胞减低持续2~4周不能恢复，或者预期患儿可能会出现较长时间中性粒细胞缺乏，可以使用粒细胞集落刺激因子（俗称升白针）。如果血小板计数低于20×109/L时应输注血小板，如果患儿有明显出血症状或感染表现，输注指征可适当放宽。
进行了异基因造血干细胞移植的患儿，由于供者和患儿基因的差异，患儿身体里的免疫细胞会对移植物进行攻击，产生移植物抗宿主病（GVHD）。
移植物抗宿主病的症状主要集中在皮肤、肝脏和消化道，包括红斑、皮疹、水泡、手脚掌皮肤疼痛、皮肤干裂或剥落、皮肤颜色变深、脱屑变厚甚至硬化，皮疹（外观看上去像苔藓）、黄疸（皮肤和/或眼白发黄）、恶心、呕吐、腹疼、腹泻等。
通常，患儿需要服用抗排异药来控制移植物抗宿主病。常用药物有糖皮质激素、环孢菌素、西罗莫司、吗替麦考酚酯、硫唑嘌呤、他克莫司等。由于轻微的移植物抗宿主病有一定的抗白血病作用，可以帮助预防白血病复发，因此通常会通过药物将移植物抗宿主病控制在适当范围内。
具体疗程医生会根据疾病类型、移植的方式、供者选择，及移植后的并发症而决定。
