习惯性流产的病因十分复杂，主要包括遗传因素、解剖因素、内分泌因素、感染因素、免疫功能异常、血栓前状态、孕妇的全身性疾病及环境因素等。
妊娠不同时期的习惯性流产，其病因有所不同。妊娠12周至28周之间的晚期流产且出现胚胎停止发育者，多见于血栓前状态、感染、妊娠附属物异常（包括羊水、胎盘异常等）、严重的先天性异常（如巴氏水肿胎、致死性畸形等）。
晚期流产但胚胎组织新鲜，甚至娩出胎儿仍有生机者，多数是由于子宫解剖结构异常所致，根据具体情况又可分为两种：
有2%~5%的习惯性流产夫妇中至少一方存在染色体结构异常，包括染色体易位、嵌合体、缺失或倒位等，其中以染色体平衡易位和罗氏易位最为常见。
胚胎染色体异常是习惯性流产最常见的原因。在偶发性早期自然流产中约有半数以上的胚胎存在染色体异常，但随着流产次数的增加，胚胎染色体异常的可能性则随之降低。
多囊卵巢综合征可增加自然流产的发生率，虽然多囊卵巢综合征导致习惯性流产的机制尚不完全明确，但有研究认为，此类患者出现习惯性流产可能与胰岛素抵抗、高胰岛素血症及高雄激素血症有关。
美国生殖医学学会认为，高催乳素血症与习惯性流产有关，通过影响卵母细胞的发育，引起黄体功能不全从而导致习惯性流产的发生。此外，孕妇的内分泌疾病如未控制的糖尿病、甲状腺疾病等均与习惯性流产的发生有关。
习惯性流产的病因约半数以上与免疫功能异常有关。可将免疫性流产分为自身免疫型及同种免疫型两种。
目前，对同种免疫型习惯性流产仍处于研究阶段，因此，常称之为“原因不明习惯性流产”。
血栓前状态包括先天性和获得性两种类型。
先天性血栓前状态是由于与凝血和纤溶有关的基因突变所造成。晚期自然流产与Ⅴ因子和Ⅱ因子（凝血素）基因突变、蛋白S缺乏所致的先天性血栓形成密切相关。
获得性血栓前状态包括抗磷脂综合征（antiphospholipid syndrome，APS）、获得性高半胱氨酸血症以及其他各种引起血液高凝状态的疾病。
目前，血栓前状态引起自然流产的具体机制尚未完全明确，普遍认为，妊娠期高凝状态使子宫胎盘部位血流状态改变，易形成局部微血栓甚至引起胎盘梗死，使胎盘组织的血液供应下降，胚胎或胎儿缺血缺氧，最终导致胚胎或胎儿的发育不良而流产。
任何能够造成菌血症或病毒血症的严重感染均可以导致偶发性流产，然而生殖道各种病原体感染以及TORCH感染（弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒）与习惯性流产的发生有一定相关性。细菌性阴道病是晚期流产及早产的高危因素。
子宫解剖结构异常包括各种子宫先天性畸形、子宫颈机能不全、宫腔粘连、子宫肌瘤、子宫腺肌病等。
习惯性流产患者中子宫异常发生率可达1.8%~37.6%，此外，解剖因素所致的习惯性流产多为晚期流产或早产。未经治疗的子宫畸形妇女再次妊娠时流产率或早产率将显著升高。子宫颈机能不全是导致晚期自然流产的重要原因。
