可明确妊娠囊的位置、形态及有无胎心搏动，确定妊娠部位，明确胚胎是否存活，以指导正确的治疗方法。如果妊娠囊形态异常或位置下移，提示预后不良。
不全流产及稽留流产均可借助超声检查协助确诊，妊娠8周前经阴道超声检查更准确。
排出的组织物需送病理检查明确诊断。
通过抽血测定催乳素、卵泡刺激素、黄体生成素、雌激素、雄激素、孕激素等激素水平，确定患者是否存在内分泌疾病。
对于反复流产者，医生可能建议患者和其男性伴侣均进行染色体检查，以确定染色体是否异常。也可将排出的绒毛送染色体核型检查，了解有无染色体异常。
甲状腺功能异常患者易于发生流产，测定游离T3和T4，TSH等有助于孕期甲状腺功能的判断。
通过抽血检查患者血糖，排除未控制的糖尿病导致的习惯性流产。
怀疑为免疫因素导致的流产，医生会对有关指标进行全面检查，了解免疫紊乱的类型，同时可进行针对性治疗。
宫腔镜可直观看到宫腔内的情况，不但能明确诊断宫腔粘连、子宫纵隔等子宫畸形及类型，还可同时进行宫腔粘连分离、子宫纵隔切除等治疗。腹腔镜则可在直视下了解子宫外部形态，不仅可以诊断盆腔粘连、子宫内膜异位症，同时也可以进行治疗。
宫颈机能不全指因宫颈先天发育异常或后天损伤导致的宫颈机能异常而无法维持妊娠，最终导致流产，多见于晚期习惯性流产患者。故习惯性流产患者还需做宫颈机能检查。
通过抽血检查凝血功能、血栓前状态标志物等指标，确定习惯性流产是否与血栓前状态相关。
