疾病主要以长期服用激素类药物治疗为主，具体用药方案应根据患者的甲状腺、肾上腺、性腺等功能低下的具体情况而定。
用药期间患者切不可自行停药，以防发生垂体危象。
出现高热、恶心呕吐、低血糖、昏迷等垂体危象表现的患者，应立即就医治疗：
补充维生素D3及钙，避免骨质疏松及病理性骨折的发生。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
针对性腺功能减退的年轻患者，可使用雌、孕激素替代治疗。
多采用人工周期疗法，即在月经的第5天开始口服雌激素，连服20天，至服药第16天加注孕激素，连续5天后停药，停药后约3~7天左右会来月经，在月经周期第5天重复上述治疗。严重的患者需终身替代治疗，以预防生殖道萎缩、骨质疏松和心血管疾病。
对有生育要求的年轻患者，可在病情稳定改善后，予以肌注人绒毛膜促性腺激素（hCG）针促排卵受孕。若患者已切除子宫，可仅服用雌激素治疗。若患者在50岁以上，应与医生讨论如何继续用药。
针对肾上腺皮质功能减退的患者，可使用糖皮质激素替代治疗。首选氢化可的松，可模拟肾上腺皮质激素分泌的昼夜规律，即清晨服2/3量，下午服1/3量。
若遇应激情况如高热、手术、创伤、感染等，应酌情加大剂量，待上述这些情况控制后再递减至维持量。
针对甲状腺功能减退的患者，可使用甲状腺激素替代治疗。
由于应用甲状腺素片可加重肾上腺皮质功能不足，因此，应先用或同时用糖皮质激素。此外，治疗期间应监测症状及血卵泡刺激素（FSH）、T3、T4水平，注意避免治疗过度。
可以改善身体的肌肉脂肪比，保持骨量和降低胆固醇水平。生长激素价格昂贵，不良反应可能包括关节僵硬和体液潴留。
该疾病一般无需手术治疗。
该疾病的中医治疗暂无循证医学证据支持，但一些中医治疗方法或药物可缓解症状，建议到正规医疗机构，在医师指导下治疗。
