持续性房扑可能会诱发加重原有心脏基础疾病，尤其是心脏增大及心功能不全，从而引起心功能不全或使原有心功能不全更重。
心房扑动可导致左心房（尤其是左心耳）内形成血栓，一旦血栓脱落，可引起全身多部位的血栓栓塞症。该疾病往往突然出现，进展迅速，可使被栓塞器官/组织迅速缺血坏死，后果严重，其中尤其以脑动脉血栓栓塞最为常见。
患者可迅速出现不同程度的意识障碍，视栓塞部位不同，还可能会引起不同部位、不同程度，不完全可逆的感觉丧失（例如语言、视觉、听觉功能异常）以及运动障碍（如瘫痪），严重者可致死。
发病初期患者即可出现剧烈的腹痛，随后逐渐开始出现各种急腹症常见的异常表现，如腹部压痛、反跳痛、腹肌紧张、肠鸣音消失等。如不及时用药物/介入/手术等手段解除栓塞，则会引起肠管坏死，弥漫的腹腔感染，导致患者死亡。
可引起患者出现患侧剧烈的腰痛、蛋白尿（可能观察到尿中泡沫丰富）、血尿，部分患者可出现高血压。长时间缺血的肾组织可坏死。
首先患者会表现出患肢剧烈的疼痛，并在活动时加重，部分患者也可能疼痛不甚明显，栓塞部位远端动脉搏动消失，肢体苍白、皮温降低，并出现麻木、运动功能障碍。如不能及时有效解除栓塞，可导致肢体坏死，最终不得不截肢。
