首要治疗手段为手术治疗，未行根治性手术或晚期不耐受手术的患者可行辅助放疗、化疗。
胸腺瘤可能合并重症肌无力导致呼吸困难，也可能因为肿块较大压迫气管产生呼吸困难，需要对症处理，改善症状，可进行辅助呼吸等措施，病情紧急者，请及时拨打120急救电话，医师会对患者进行人工通气，包括气管插管、气管切开，实施抢救。
胸腺瘤对放疗敏感，可作为单独治疗，也可作为术后辅助治疗、补救治疗及新辅助综合治疗，
对于不可切除的病灶是指在诱导化疗中进展的病灶，或是未完整切除的侵袭性的胸腺瘤或胸腺癌，或局部晚期疾病在化疗和手术后的辅助，患者均应接受放疗。
胸腺瘤的常用化疗药物包括：顺铂、多柔比星、环磷酰胺、依托泊苷、紫杉醇等。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
对于合并有重症肌无力症状的患者，可采用免疫抑制药物（如糖皮质激素等）、丙种球蛋白等药物，进行对症治疗，患者药物剂量需要根据患者情况进行调整。
对于身体条件可以耐受手术治疗的胸腺瘤患者，胸腺切除手术是首要推荐的治疗方式。
通过全胸腺切除术，彻底的切除病灶。
完全切除可能需要切除临近的结构，包括心包、神经组织、胸膜、肺组织，有时甚至包括大血管组织。
中医药配合手术、化疗、放疗等来治疗恶性肿瘤患者，可能具有一定的效果。
