患者感染乙型肝炎病毒（HBV）是乙肝小三阳的直接病因。
主要传染源是乙型肝炎患者和无症状慢性乙型肝炎病毒携带者。
乙肝小三阳的传播途径有血液、性接触和日常密切接触等。
乙肝病毒进入人体会进行不断的复制，作为“入侵者”，人体内的免疫系统发现HBV病毒后，将对其发动“攻击”，对病毒进行清除。若免疫系统占据优势，感染者的HBeAg会逐渐转阴，抗HBe开始出现，代表体内获得一定免疫力，预后较好。
但“狡猾”的乙肝病毒可能发生变异，病毒伪装躲开免疫系统的攻击，此时也可能出现HBeAg阴性和抗HBe阳性的情况。
乙型肝炎病毒抵抗力较强，对低温、干燥、紫外线均有抵抗性，70%的酒精消毒无法灭活该病毒，但高温、次氯酸钠、漂白粉等化学消毒剂可以破坏乙型肝炎病毒的包膜，使其失去感染性，可用于针对乙型肝炎病毒的消毒。
乙肝患者和无症状乙型肝炎病毒携带者。
乙肝病毒主要通过血液、体液、日常密切接触和性接触传播。
除了经输血及血制品之外，刺伤、注射等微量血液也可传播乙型肝炎病毒。含有乙型肝炎病毒的体液，如唾液、乳汁、精液、分泌物等直接进入体内或者接触破损的皮肤、黏膜也可造成传播。蚊虫叮咬不会传染乙型肝炎病毒。
乙型肝炎病毒的感染呈现出家庭聚集现象，所谓的“日常密切接触”，可能是因生活中不注意导致微小的创伤而导致的一种特殊的经血液传播的形式，可能通过共用牙刷、剃须刀传染，而非通过消化道、呼吸传染。
又称垂直传播，母婴传播分为宫内感染、围生期感染和分娩之后感染。胎儿在子宫内被感染的概率约为5%，在分娩时母体的病毒可以通过新生儿微小伤口感染婴儿，出生后母亲可能因乳头破损通过乳汁将病毒传播给新生儿。
乙型肝炎病毒感染者的精液和阴道分泌物中也检出病毒，其配偶相较其他家庭成员更易感染乙型肝炎病毒。
