大部分乙肝小三阳患者病毒复制并不活跃，若患者肝功能正常，无需进行治疗，遵医嘱按时复查即可。
若患者肝功能出现异常，病毒发生变异复制活跃，则应进行抗病毒、保肝等一系列治疗。
患者应充分休息，合理饮食，辅以保肝药物等治疗措施，同时应避免饮酒和使用损害肝脏的药物。
治疗目的包括抑制病毒复制，改善肝功能，减轻肝组织病变，减少或延缓肝硬化、肝细胞癌的发生。
症状明显、病情较重和有黄疸的患者应卧床休息，避免过度劳累，卧床还可增加患者肝脏血流，利于恢复。
饮食宜清淡，适当的高蛋白、高热量、高维生素食物有助于肝脏修复，但无需过高营养，以防脂肪肝，患者应避免饮酒。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
小三阳患者若病毒复制不活跃，肝功能正常，通常无需进行药物治疗，定期监测病情即可。
若小三阳患者体内病毒复制仍活跃，肝功能出现损伤，则需要进行抗病毒等药物治疗。
并非所有患者均需抗病毒治疗。
乙型肝炎抗病毒治疗指征：
有下列情况之一者建议抗病毒治疗：
对于HBeAg阳性的慢性乙肝患者，HBeAg血清转换后应再用药一年以上（总疗程不能少于3年），对于肝硬化患者，应长期使用。
此类药物有恩替卡韦、替诺福韦、丙酚替诺福韦、替比夫定等。用药前后、用药中均需对病毒载量、病毒学标志物等进行检查。也均需对患者的ALT、谷草转氨酶（AST）、胆红素等生化指标进行检查。
包括普通干扰素和聚乙二醇干扰素，适合处于活动期、年轻、女性、HBV DNA低的肝炎患者，但若胆红素过高、出现失代偿性肝硬化，则不宜选择IFN-α。普通干扰素每周需注射多次，聚乙二醇干扰素每周仅需注射一次。
此外，医生根据患者情况可能进行抗炎保肝、抗纤维化等治疗。
水飞蓟素制剂、甘草酸制剂、多不饱和卵磷脂制剂等具有抗炎、抗氧化和保护肝细胞等作用，医生可根据患者情况选择合适的药物进行治疗，但该类药物不宜多种联合。
目前达成较多共识的是丹参等具有一定的抗纤维化作用，γ-干扰素体外研究中也有抗纤维作用，但仍需更多研究证实。
乙肝小三阳患者无需手术治疗，但若病情进展至肝硬化失代偿，可考虑进行肝移植手术。
中医在保肝护肝、退黄疸、降低肝功相关酶和抗纤维化治疗方面有一定作用，患者应在正规医院接受相关治疗。
