胰腺囊肿伴有不典型增生、癌变时血清或囊液中肿瘤标志物水平可升高，如黏液性囊肿，囊液中癌胚抗原（CEA）>25ng/ml。囊腺瘤癌变时部分患者可以出现糖链抗原CA19-9升高。
如为胰腺炎引起的胰腺囊肿，患者血清和尿液中淀粉酶，可出现不同程度度的升高。
是诊断胰腺囊肿的一项简便而有效的手段，具有无创伤、经济、准确且可重复的特点，为首选的检查方法。典型者于上腹可探及一位置明确、范围肯定的液性暗区，还可了解囊肿与胰腺的邻近关系，定位诊断准确率高。
可看到胰腺内有囊肿，不同类型的囊肿CT显示情况也不相同，可显示囊肿与周围结构的解剖关系，CT能评价胰管与囊肿之间的相通情况。
为最佳检查手段，因为其无创、无辐射，且能够较好地评估囊性病灶与主胰管之间是否相通，有助于鉴别良恶性。
通过穿刺，可从囊肿中收集液体，对囊液进行分析，或对肿瘤性囊肿进行活检。
