寻常疣需要和疣状皮肤结核相鉴别，后者为不规则的疣状斑块，四周有红晕，组织病理可鉴别。
跖疣需要和鸡眼、胼胝相鉴别。
鸡眼多由于长期挤压所致，多发生于脚趾缘、足缘，典型皮损为圆锥形角质栓，外围有透明黄色环，表面光滑。可单发或散在数个，加压时疼痛明显。
胼胝为长期摩擦、压迫所致，多发于足趾前部、足跟，典型皮损为蜡黄色角质斑片，中央略增厚，皮纹清楚，边缘不清。通常为 1～2 片，通常无或仅有轻微疼痛。
跖疣需与点状掌跖角化症相鉴别，后者常早年发病，有家族史，手掌、脚掌有损害，散在分布，以受压部位皮损多见。
扁平疣有时需与毛囊上皮瘤、汗管瘤相鉴别，虽然两者都可好发于眼睑附近，但组织学完全不同。
扁平疣有时与扁平苔藓鉴别困难，后者儿童少见，好发在四肢屈侧，面部少见，瘙痒明显，常有黏膜损害，皮损呈紫色，有白色细纹。
