目前没有能够治愈HPV感染的特异性抗病毒治疗方法，现有的方法主要集中于以破坏疣体、调节局部皮肤生长、刺激局部或全身免疫反应为主要手段。治疗的目标是去除疣体、不产生瘢痕、诱导终生免疫，防止复发。
不是所有的疣都需要治疗，部分疣在没有治疗的情况下可自行消失。疣的治疗方案需要根据疣的类型、患者年龄、既往治疗史及其疗效来制定，任何一种治疗方案至少持续2～3个月，这是合理的治疗“试验”。
疣的治疗主要包括物理治疗和外用药物治疗。治疗的流程应该先选择非侵袭性方法，适应证包括疼痛、功能障碍、社交障碍或具有恶性肿瘤的风险等。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
不适合采用物理治疗的患者，可以根据不同情况选择外用药物。常用药物包括以下几种：
0.05%～0.1%维A酸软膏，每天 1～2 次外用，适用于扁平疣。他扎罗汀乳膏或凝胶也可能有效。
每天 1～2 次。因其可导致色素沉着，面部慎用。
水杨酸是一种角质剥脱剂，外用可使皮损愈合后无瘢痕，不良反应小，操作简便，治疗费用低；但是其起效缓慢，可对皮肤有轻微刺激，因此在使用中若皮肤出现红肿反应即应停用；在头面部也不宜使用，以免皮肤色素沉着，影响美观。
重组人干扰素具有抑制肿瘤细胞增殖、抗病毒及调节人体免疫等功能。干扰素联合其他治疗方法治疗单个难治性寻常疣安全、有效，可降低复发率。
可使疣部表皮充血、发泡。祛除疣体表面角质后，外用斑蝥素封包 24 小时，间隔 1～3 周治疗 1 次，总疗程约 2～3 周。
斑蝥素治疗寻常疣形成水疱时会有轻微的疼痛，愈后不形成瘢痕，若治疗过程中出现糜烂，可暂停几日后再继续治疗。
用1%普鲁卡因稀释后在疣体根部注射，每周 1 次，适用于难治性寻常疣和跖疣。
皮损内注射对于多发性疣具有一定疗效。
全身药物治疗多用于疣体数目较多或久治不愈者，可能需要数周甚至数月才能达到理想的治疗效果，但部分患者依然可能复发或疣体扩散到身体的其他部位。
目前尚无确切有效的抗HPV治疗药物，可试用免疫调节剂（如西咪替丁、维A酸类药物等）。此外，治疗疫苗在临床试验阶段，对HPV感染引起的疣可能有预防和治疗作用。
冷冻、电灼和激光等都是有效的治疗方法，适用于疣的数量较少的患者。
这是一种常用的治疗方法。通常采用液体氮使疣体坏死、脱落，可能需要多次重复治疗以达到治疗效果。该治疗过程疼痛，所以通常不用于年龄较小的患者。
治疗后会出现水疱、皮肤变色等副作用，水疱一般在几天内可消失。但是应注意，因为水疱疱液内含有病毒，冷冻治疗使疣体破裂后如处置不当可能造成播散或加重。
在距离皮肤 1～2 mm处，有效电极放出电火花，从而灼毁疣体。有时，在施行刮除术后续用此方法，可以止血或毁除刮除术不能达到的较深组织。
使用高强度激光去除疣。该方法需要每 3～4 周重复一次治疗。可能导致疼痛和留有疤痕。
其原理是使组织内的分子高速运动、变化，产生巨大振荡摩擦，使机体组织在很小的范围内瞬间产生高温，从而发生坏死。这种治疗方法可彻底清除病毒组织，减少复发，且治疗损伤小、见效快、效果好，与激光相比，有止血功能好及无刺鼻烟尘等优点。
须注意：起搏器植入患者禁用。
用射频传递能量用于疣的局部，或将疣体浸泡在热水中进行治疗。有报道该治疗方法有效。
用特制的刮匙刮除疣体，但一般不适用于面部。
寻常疣、尖锐湿疣可用外科手术切除。但这种手术方法只是将疣体去除，并没有将致病病毒消灭，故术后常易复发。
疣外科切除痛苦大并易形成瘢痕，且瘢痕下存留亚临床感染病灶，易复发，因此不作为推荐治疗方法。
中医在疣的治疗中亦有一定的作用。目前有些治疗疣的中成药外用制剂，须在皮肤科医生的指导下应用。
可用于治疗扁平疣、寻常疣及肛门和外生殖器尖锐湿疣。
可用于部分扁平疣、跖疣等的治疗。方法为局部使用光敏剂如氨基酮戊酸（ALA），然后进行光照，可使皮损处感染的细胞死亡。
