隐性脊柱裂的发生与遗传因素以及妊娠过程中接触放射线、毒物、某些药物、缺氧酸中毒等，均有可能引起。隐性脊柱裂的症状主要因受累节段的脊髓与脊神经损害引起，即与是否受压和神经损害的程度相关。
脊柱裂的出现与多种因素有关，凡是影响受精与妊娠的各种异常因素均有可能促成此种畸形的形成。在胚胎发育的过程中，软骨中心或成骨中心发育障碍，两侧中胚叶发育不全导致骨性椎管无法闭合从而产生脊柱裂。如果没有脊膜或脊髓膨出，即为隐性脊柱裂，占脊柱裂的80%左右。
如妊娠早期遭受如放射线、毒物、特定类型药物（例如分级为X类药物，为已经证实对胎儿有害，孕期禁用），缺氧酸中毒等不良刺激等。
