隐斜视首先是屈光矫正，也可采用眼肌训练、三棱镜治疗等手段。当患者通过保守治疗无效时，满足手术适应症的患者可采取手术治疗。
隐斜视患者首先需要矫正屈光不正，一般40岁以下患者睫状肌充分麻痹下检影验光，尤其是16岁以下的儿童应当用1%阿托品，遵医嘱连续点用数天，检查有屈光不正者，佩戴矫正眼镜；远视眼有内隐斜时应作充分矫正屈光不正，屈光参差引起的隐斜或有散光者应充分矫正，以获得清晰的远视力；如果是近视眼引起的外隐斜，应该给予获得清晰远视力的最低镜片。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
隐斜视者有症状者在适当休息的前提下可以配合药物治疗，可用能量合剂、维生素B1、谷维素、维生素K4等，也可以遵医嘱使用缓解眼疲劳的眼药水。
手术并非隐斜视的首选治疗方法，建议充分检查，并在医生评估下决定是否手术。
根据病因和受累肌的不同，选择不同的手术方式。
度数大的旋转隐斜视大多存在斜肌麻痹的问题，可用手术矫正。而轻度旋转隐斜视者选择手术要慎重。
若术眼出现结膜充血、轻度水肿伴轻度疼痛，属于正常现象，一般可忍受。如果水肿十分明显，结膜隆起显囊泡状，当眼睑闭合时，甚至嵌顿于睑裂外，难以消退，且伴有明显头痛、恶心、呕吐及其它反应，则应在医院进行医疗处理。
在斜视手术后，常出现过矫和欠矫的情况，短期内先观察眼位，眼球运动、双眼视功能可采取配眼镜、三棱镜疗法或正位训练等保守治疗。如效果不佳，可能需要第二次手术。
术后绝大多数患者短期内消失，持续不消失者罕见。术后如果有明显复视且有一定融合力者，可以视觉训练三棱镜治疗。有斜视者保守治疗无效，酌情选择手术治疗。
这是斜视手术后较常见的并发症，在角巩缘出现碟形、椭圆形的灰色干燥斑块，出现后应停止点含有激素的滴眼剂，改用抗生素滴眼剂或人工泪液，也可滴贝复舒眼液促进角膜生长。一般在数天内消失，重症者可留下淡薄浑浊的小斑。
内隐斜者训练较困难，可以试用同视机训练。
用基底向内的三棱镜治疗内隐斜，一般矫正隐斜度的1/3。基底向外的三棱镜治疗外隐斜。上隐斜矫正隐斜度的2/3。但有的学者认为三棱镜治疗效果不佳，有时反而加重眼睛疲劳症状。
