隐睾是导致男性不育的主要原因之一。主要的病理变化是生殖细胞发育障碍，精子的发生受损，导致生育能力下降。双侧隐睾患者的生育能力比单侧更低，但如果隐睾位置较低，适当治疗后有希望保留部分生育能力。
主要是因为绝大多数隐睾患者的鞘突管未闭合，肠袢降入阴囊内鞘突腔所致。约有65％隐睾患者合并有先天性腹股沟斜疝，一般情况下可待患儿稍大后与隐睾一起手术处理。
可能与睾丸引带或提睾肌附着异常有关。隐睾发生睾丸扭转的概率远高于阴囊内睾丸，一般表现为腹股沟疼痛性包块或下腹部疼痛，症状与斜疝相似，但一般无消化道症状。
由于隐睾位置表浅、固定，易受外界暴力创伤，从而使睾丸萎缩加速，导致生精障碍及性功能改变。
隐睾发生睾丸肿瘤的几率高于正常人，且位置越高，恶变的风险越大。睾丸恶变具体的原因并未明确，可能与睾丸本身、青春期提前、温度变化或内分泌因素等相关。
