隐睾是一种具有遗传倾向的先天性疾病，确切原因目前尚未明确，可能和遗传、母亲的健康、胎儿生长发育受限以及其他环境因素有关，使睾丸发育的激素、机体变化和神经系统的活动受影响导致。
大多数情况下，睾丸在牵引带的牵拉下会向下移出外环口，再沿着牵引带末端的阴囊分支进入阴囊。如果牵引带发生退变、收缩障碍，则睾丸不能正常下降至阴囊而停留在其他异常部位，造成不同程度的下降不全。
因睾丸体积过大等原因，致使睾丸下降受阻，不能正常降入阴囊。
精索血管发育延迟或停止发育，使精索过短，则会造成睾丸下降不全。
调控睾丸下降的神经或某些活性蛋白发育障碍时，导致睾丸下降障碍。
有部分患者在手术探查时发现单侧睾丸缺如，可能由于患者在出生前或出生后不久，曾经发生过睾丸扭转，导致睾丸缺血萎缩所致。
胚胎期原始性腺分化异常，使两侧睾丸融合为一个睾丸，从而阻碍了睾丸沿正常途径下降。
未分化成熟的睾丸对促性腺激素的刺激不会产生反应，因此，睾丸对促性腺激素的反应异常也会导致睾丸下降障碍。
当调控睾酮分泌的中枢神经系统功能异常时，也会导致睾丸下降障碍。
苗勒管抑制物质是一种可以抑制雌性生殖器发育的糖蛋白聚合物，该物质不足或缺乏会使雌激素受体过度表达，造成雄激素相对缺乏，从而阻碍睾丸的下降。
隐睾有明显的家族遗传倾向，家族中的发病率接近14%。
