疟疾治疗通常选用药物治疗，无需手术治疗。由于疟疾基本是经蚊虫叮咬传播，因此患者不需要隔离。疟疾治疗中，最重要的是杀灭红细胞内的疟原虫。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
抗疟药品种较多，主要分为以下几类。
该类药物通过作用于原虫膜系结构，损害核膜、线粒体外膜等而起抗疟作用。其吸收快、起效快，可用于治疗间日疟、恶性疟，对脑型疟和耐氯喹虫株感染也有良好疗效，很适用于凶险疟疾的抢救。
该类药物抗疟疗效显著、不良反应轻而少，耐药率很低，已在世界范围内广泛应用。
目前，用青蒿素治疗疟疾，已在世界范围内被广泛应用。2015年10月，屠呦呦团队发现青蒿素可以有效降低疟疾患者的死亡率，获得诺贝尔生理学或医学奖。2019年，屠呦呦团队发现，如延长治疗时间，可以有效克服目前的“青蒿素耐药性”。
该药物是目前非耐药疟疾的首选药物，对各种疟原虫的裂殖体有杀灭作用，可迅速控制症状。其特点是疗效高，生效快。常规剂量不良反应少且轻微，大剂量可引起视力障碍及肝肾损害。
对各种疟原虫的滋养体有杀灭作用，能控制临床症状。不良反应有心肌抑制作用，特异质反应，子宫兴奋作用和中枢抑制作用。主要用于恶性疟。
对间日疟、恶性疟有效，杀虫彻底，作用持久，但控制症状慢，可与蒿甲醚配伍使用。
是目前唯一可供使用的预防复发和传播的药物。主要对间日疟继发性红细胞外期和各种疟原虫的配子体有较强的杀灭作用，是根治间日疟和控制疟疾传播的最有效的药物。不良反应为有较大毒性，需注意使用剂量。
如乙胺嘧啶，通过抑制疟原虫的叶酸合成酶类而起作用。对恶性疟和间日疟有抑制作用，是病因性预防的首选药。也可用于控制耐氯喹的恶性疟症状发作，但生效较慢。
此类药物不良反应少，大剂量可引起巨幼红细胞性贫血。儿童误服可引起惊厥、死亡。
对耐氯喹疟原虫患者，青蒿琥酯和甲氟喹治疗效果好，不良反应轻，价格便宜，前者为我国首选，后者为欧美无青蒿琥酯国家首选。此外，应采用联合用药治疗，如甲氟喹加磺胺多辛、蒿甲醚加卤泛群等，效果更佳。
该人群对疟疾易感，并易发展为重症。妊娠早期可选用氯喹或奎宁联合克林霉素，妊娠中晚期可选用青蒿琥酯联合克林霉素。
国内最常应用的是青蒿琥酯的静脉注射剂型，此外可选用氯喹、奎宁及磷酸咯萘啶静滴。
祛邪截疟，和解表里。主要选用柴胡截疟饮加减。
清暑化湿，祛邪截疟。主要选用白虎加桂枝汤加味。
和胃理气，祛湿截疟。主要选用达原饮。
温阳达邪，散寒截疟。主要选用柴胡桂姜汤加味。
益气养血，扶正祛邪。主要选用祛劳汤合何人饮加减。
软坚散结，活血祛瘀。主要选用鳖甲煎丸加减。
