疱疹样皮炎病因尚不完全明确，与肠道对麸质类食物中的蛋白质过敏有关。过敏性蛋白质诱发免疫反应产生抗体，可能导致消化道症状以及皮肤表现。
疱疹样皮炎具有遗传易感性，欧美患者携带有HLA-DQ2和DQ8基因型，而我国患者则主要为HLA-B8和DR3。
部分患者肠道对麸质敏感，食用麸质或蛋白质后，消化产生的麦醇溶蛋白肽（麸质消化产生的肽类）和组织转谷氨酰胺酶等，可能会让肠道的免疫细胞误以为是有害物质，产生应激的免疫反应。这种免疫反应会刺激皮肤的表皮与真皮分离形成水疱。
食用麸质饮食可能诱发疱疹样皮炎，且疱疹样皮炎好转后，再次摄入麸质饮食可能导致疱疹样皮炎复发。
