躁狂抑郁症的病因较为复杂，目前尚未明确，主要认为遗传因素、生物学因素、心理社会因素之间的相互作用在疾病发展中起到了关键作用。这些因素可能通过影响中枢神经信息传递过程，导致躁狂和抑郁等情感症状。
躁狂抑郁症具有明显的遗传倾向与家族聚集性，因此遗传因素是躁狂抑郁症最主要的危险因素。躁狂抑郁症具有明显的家族聚集性，与患病者血缘关系越近，发病危险越高。并且随着家族中发病年龄逐代提前，疾病严重程度逐代增加。
在家系研究中发现，躁狂抑郁症的遗传度高达85%。以双相障碍Ｉ型为例，对于已经确诊的患者，其一级亲属（父母、子女以及同父母的兄弟姐妹）患病风险比健康人群高8~18倍。
随着神经影像学研究的进展，躁狂抑郁症的影像学证据逐渐被发现。
目前发现大脑结构的异常可导致躁狂抑郁症的症状，主要包括前额叶、边缘系统和中部脑区，表现为灰质的容积减少及白质结构变化。往往发病年龄越早，这种表现更明显。
此外，神经递质功能障碍、神经内分泌系统的改变、神经免疫功能紊乱也对躁狂抑郁症发病有重要影响。
推测部分心理社会因素与躁狂抑郁症发生有关，但目前尚未证实其在躁狂抑郁症的发生与发展中的作用。
应激事件、睡眠少、经济情况变化、与亲人吵架、季节变化等可能会诱发双相情感障碍的发作。
部分双相情感障碍发作，具有季节性变化特征，即初冬（10~11月）为抑郁发作，夏季（5~7月）出现躁狂发作。女性较男性更可能具有季节性发作的特征。
在离婚或者独居患者中，双相情感障碍更常见。
双相情感障碍在代谢综合征的患者中患病率是普通人群的2倍，约42.3%的双相情感障碍患者共病物质滥用。
