一、克隆病 本病的临床表现和X线征象与肠结核极为酷似，有时甚难鉴别，可借助下列几点协助诊断：①本病无肺结核或肠外结核病史;②病程一般更长，不经抗结核治疗可出现间断缓解;③粪便及其它体液及分泌物检查无结核菌;④X线检查可见病变以回肠末端为主，有多段肠曲受累，并呈节段性分布;⑤肠梗阻、粪瘘等并发症较肠结核更为多见;⑥切除病变肠段作病理检查无干酪样坏死，镜检与动物接种均无结核杆菌。
二、右侧结肠癌 ①本病发病年龄多为40岁以上中老年人;②无长期低热、盗汗等结核毒血症及结核病史;③病情进行性加重，消瘦、苍白、无力等全身症状明显;④腹部肿块开始出现时移动性稍大且无压痛，但较肠结核肿块表面坚硬，结节感明显;⑤X线检查主要有钡剂充盈缺损，病变局限，不累及回肠;⑥肠梗阻较早、较多出现;⑦纤维结肠镜检可窥见肿瘤，活检常可确诊。在临床上结肠癌的发病率较肠结核为高。
三、阿米巴或血吸虫病性肉芽肿 肠阿米巴或血吸虫病可形成肉芽肿病变，在鉴别诊断上应注意。该类疾病无结核病史，脓血便较常见，粪便中发现有关的病原体，直肠及结肠镜常可证实诊断，相应的特异性治疗有效。
四、其他疾病 除上述疾病外，肠结核尚应与下列疾病鉴别：以腹痛、腹泻为主要表现者应与腹型淋巴瘤、肠放线菌病相鉴别;以急性右下腹剧痛为主要表现者应注意避免误诊为急性阑尾炎;以慢性腹痛牵扯上腹部者易与消化性溃疡、慢性胆囊炎混淆;有稽留高热者需排除伤寒。
病史及症状：
右下腹或脐周隐痛及钝痛，多在进食后诱发，伴不全性肠梗阻者，腹痛呈持续性，阵发性加剧。大便习惯改变，腹泻，粪便呈糊状，可含粘液，不伴里急后重，便血少见。或腹泻与便秘交替出现。增殖型肠结核，多以便秘为主。多伴有发热、盗汗、消瘦、全身乏力、恶心、呕吐、腹胀、食欲减退等症状。另外应注意询问有无结核病史及既往检查治疗情况，是否行抗痨治疗，疗程及疗效如何。
体验发现：
右下腹有固定性压痛点，并发肠梗阻时可有肠鸣音亢进、肠型及蠕动波，增殖型肠结核右下腹可触及包块，一般比较固定，中等质硬，伴有轻重不等的压痛。另外有贫血征象、详细检查患者存在哪些体征有助于判断病情轻重及肠结核的病理分型。
典型病例的诊断一般无困难。但疾病早期，常因症状不明显或缺乏特征性而易漏诊。下列几点可做为诊断本病的依据。
1、青壮年患者，原有肠外结核，特别是开放性肺结核，或与开放性肺结核患者有密切接触史者;
2、 有腹泻、腹痛、便秘等消化道症状，并伴有发热、盗汗等全身症状;
3、腹部检查发现右下腹压痛，或伴包块，或出现原因不明的肠梗阻;
4、血液检查：可有中度贫血，白细胞计数正常，淋巴细胞增高，血沉多明显增高;
5、粪便检查：粪便多为糊样，一般不含黏液或脓血，常规镜检可见少量脓细胞和红细胞。粪便浓缩找结核杆菌，阳性者有助于肠结核的诊断，但仅在痰液检查阴性者才有意义;
6、X线检查：钡剂在病变肠段呈激惹征象，排空很快，充盈不佳，而在病变上下肠段的钡剂充盈良好，回肠末段有钡剂潴留积滞。病变肠道如能充盈，可见黏膜皱襞粗乱，肠壁边缘不规则，有时呈锯齿状。也可见肠腔变窄，肠段收缩变形，回肠盲肠正常角度消失;
7、纤维结肠镜检查：一般不作常规检查。如病变累及上段结肠，为了明确溃疡的性质与范围，则对诊断与鉴别诊断有很大帮助;
此外，在本病的早期，因症状多不明显，诊断常有困难，有时X线检查也呈阴性，因此在疑为肠结核的患者，应定期随诊或作诊断性抗结核治疗。
