对肠结核的预防，应着重在肠外结核的早期诊断与积极治疗。广泛进行有关结核病的卫生宣教，教育肺结核或喉结核患者不要吞咽唾液，并保持大便通畅。日常生活应注意饮食卫生，在公共场所进餐时提倡用一次性碗筷进餐，牛奶应经过灭菌消毒。肠结核的治疗目的是消除症状，改善全身情况，促使病灶愈合及防止肠梗阻、肠穿孔等并发症。此外，加强卫生管理，禁止随地吐痰，讲究饮食卫生，提高全民抗痨意识对其预防有一定意义。随着抗结核药物的普及和发展，在加强支持疗法的基础上，肠结核经充分治疗一般可痊愈。除了早期用药外，合理选用抗结核药物，保证剂量充足、规律、全程用药，是决定预后的关键因素，加强支持治疗，提供幽静休息环境，清新，易消化吸收、营养丰富、维生素、微量元素，无污染的食物，对肠结核的康复是必不可少的。
1) 休息与营养：休息与营养可加强患者的抵抗力，是治疗的基础。活动性肠结核须卧床休息，积极改善营养，对消瘦、营养不良和因胃肠症状而妨碍进食者，宜予以静脉内高营养治疗;
2) 抗结核治疗：应做到早期、联合、适量、规律和全程用药。为了使患者早日康复，防止耐药性的产生，目前多采用短程疗法，疗程为6-9个月，一般用异烟肼与利福平联合用药;伴严重肠外结核者，宜加链霉素或吡嗪酰胺或乙胺丁醇，三联用药1-1.5年;
3) 对症治疗：腹痛可用颠茄、阿托品和其他抗胆碱能药物。摄入不足或腹泻严重者，应补充液体与钾盐，防止水、电解质与酸碱失衡。对不完全性肠梗阻的患者，不仅要按上述对症治疗外，还需配合胃肠减压，以缓解梗阻近段肠区的膨胀与潴留;
4) 手术治疗：适用于完全性肠梗阻、急性或慢性肠穿孔引起的粪瘘以及肠道大出血等内科治疗无效者。此外，对增生型结核也可考虑部分手术治疗。
本病的预后取决于能否早期诊断治疗。肠结核早期病变是可逆的，经适当治疗可完全痊愈;如果病程已至后期，即使给予合理、足量的抗结核药物治疗，各种并发症也难免发生。
