鉴别白细胞减少症的病因对治疗很重要，注意了解有无药物、化学物质、放射线的接触式和放化疗病史，有无感染性疾病、自身免疫性疾病、肿瘤性病史等。注意中性粒细胞减少发病的年龄、程度、发作的速度、持续时间及周期性，是否有基础疾病及家族史等。若有脾大，注意脾功能亢进的可能。
其中急性粒细胞缺乏特指突然发病、以粒细胞缺乏伴发热感染为特征的综合征，与接触某种药物有关，如氨基比林、保泰松、磺胺类、硫氧嘧啶类等，需和以下几种疾病进行鉴别。
粒细胞缺乏症恢复期骨髓中早幼粒细胞相对增多时，易与急性早幼粒细胞白血病混淆。后者可见t（15；17），而粒细胞缺乏症者没有。
有些药物引起急性再生障碍性贫血，常先引起粒细胞缺乏，继而全血细胞减少。再生障碍性贫血者骨髓活检可见造血组织减少，而粒细胞缺乏症者的造血组织正常。
