肠易激综合征（IBS）的病因和机制还未明确，目前认为是多因素相互作用，引起肠-脑互动异常的结果。
有研究显示，饮食因素（包括免疫性——即食物过敏，非免疫性——即食物不耐受两个方面）可诱发或加重患者症状，此外，肠道感染是中国人群患该病的危险因素。
肠易激综合征患者对结直肠扩张的疼痛阈值明显低于正常人，更易产生腹胀、腹痛等症状。
内脏高敏感性能是肠易激综合征的核心发病机制，在该病的发生、发展过程中起到重要作用。
肠易激综合征患者胃肠蠕动或增强、或减弱，或痉挛，对如进食、肠腔扩张、肠内容物以及某些胃肠激素的动力学反应过强，并呈反复发作过程。
胃肠动力学异常是该病的重要发病机制，但不同亚型的肠易激综合征患者胃肠动力学改变情况有所不同。
肠易激综合征患者存在中枢神经系统的感觉异常和调节异常，肠易激综合征可以被认为是对脑-肠系统的超敏反应，包括对肠神经系统和中枢神经系统。
越来越多的临床研究表明，肠易激综合征可能是急慢性感染性胃肠道炎症后的结果之一，其发病与感染的严重性及应用抗生素时间均有一定相关性。
研究表明，肠易激综合征腹泻型患者肠道内乳酸菌、厚壁菌和双歧杆菌数量明显减少及拟杆菌的增多，而肠易激综合征便秘型患者韦荣球菌数目增加。
肠道微生态失衡在该病发病中发挥重要作用。
大量调查表明，肠易激综合征患者常伴发焦虑、抑郁等表现，此外，急性和慢性应激事件，如失业、亲人死亡、性虐待、体罚等均可诱发或加重症状。
胃肠炎、食物不耐受、慢性应激、外科手术及某些药物等因素是诱发或加重症状的主要因素。
