由于胆盐吸收障碍，回盲瓣被切除，肠内容物在肠道内停留时间缩短，结肠内细菌进入小肠等原因，短肠综合征患者，特别是早期，会出现严重的腹泻，进而导致电解质、酸碱平衡紊乱，甚至休克等严重并发症。
由于维生素B12的主要吸收场所在小肠，小肠大量切除，会引起维生素B12缺乏，继而引起贫血。
短肠综合征患者小肠吸收面积小，胃肠蠕动快，食物通过快；营养制剂的温度、速度、浓度不合适；营养制剂被污染或饮食不当等原因，致使钙磷吸收障碍，引起骨质疏松，使患者易于发生骨折，或骨畸形。
Ⅱ型短肠综合征由于对草酸盐的吸收增加，因此，易出现尿路草酸盐结石。
