因慢性缺氧导致肺血管收缩及支气管管腔狭窄等导致肺动脉高压，从而出现右心室肥厚，当随着疾病进展，肺动脉压力持续升高，超过右心室代偿能力，右心排出量下降，出现右心室扩大、右心衰竭，表现为明显气促、心悸、腹胀、下肢水肿。
呼吸功能障碍出现的呼吸性酸中毒，早期出现血压增高、中枢神经受累，表现为躁动不安、嗜睡、精神错乱等，若快速改善通气，症状缓解较快。若持续缺氧或严重缺氧，可出现代谢性酸中毒，出现意识障碍、血压下降、心律失常甚至心跳骤停，危及生命。
当慢性呼吸衰竭CO2潴留严重时，可出现肺性脑病，表现为神志淡漠、肌肉震颤、间歇抽搐、昏睡甚至昏迷。应用呼吸机辅助治疗改善通气后，患者肺性脑病可逐渐恢复。
严重的缺氧和CO2潴留可直接抑制心血管中枢，造成心脏功能抑制和血管扩张，导致血压下降、心律失常，甚至心室颤动、心脏骤停，严重危害生命。
呼吸衰竭患者缺氧常导致肾功能不全，及时治疗，肾功能可以恢复。
缺氧导致胃肠功能紊乱，表现为消化不良、食欲缺乏，甚至黏膜糜烂、出血、坏死。若缺氧即使纠正，消化功能障碍基本能恢复。
