主要依靠典型发热、出血和肾损害等特征性临床症状和体征，结合实验室检查，同时参考流行病学史等进行诊断。
血常规检查早期白细胞可正常，第3天后逐渐增高，早期可看到中性粒细胞增多，核左移，并见中毒颗粒，重症患者可见幼稚细胞，呈现类白血病反应。第4~5天后淋巴细胞增多，出现较多的异型淋巴细胞。发热后期到低血压休克期，可见血液浓缩、血红蛋白和红细胞增高，血小板减少。
尿常规检查从病程第2天出现尿蛋白，第4~6天尿蛋白量明显增多，并可见尿膜状物。
在低血压休克期，肾功能检查可见尿素氮和肌酐水平升高，进入多尿后期后开始下降。血电解质可异常。此外，肝生化检查可见转氨酶和胆红素增高。
检测特异性IgM抗体阳性或双份血清IgG抗体滴度4倍以上增高，或检出汉坦病毒RNA，可以确诊。
从患者外周血中检测到汉坦病毒RNA或从患者血液等标本中分离出汉坦病毒，有助于确诊,。
心电图可出现心律失常和心肌受损的表现。部分患者胸片可见肺水肿，甚至胸腔积液等表现。彩超观察肾内血流情况也有助于明确诊断。
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