慢性肾盂肾炎和急性肾盂肾炎不能依靠病史的长短来划分，慢性肾盂肾炎常有尿路感染的发作，或曾有尿路感染病史，一般多伴有尿路解剖异常或功能异常，如尿路梗阻或膀胱输尿管反流等；也可仅有尿路感染的病史，而无细菌学检查的证据。
持续性肾小管功能损害对诊断有参考价值，影像学的特殊改变是诊断关键，如静脉肾孟造影显示局灶性粗糙的肾皮质搬痕，伴有相关肾乳头收缩和肾盏的扩张和变钝，瘢痕常见于上、下极。其病理诊断标准为：除慢性间质性肾炎改变外，还有肾盏、肾孟炎症、纤维化及变形。
对于有慢性尿路感染病史以及X线发现某些可疑性改变者，应考虑黄色肉芽肿性肾盂肾炎的可能。
慢性肾盂肾炎易误诊为流行性感冒、疟疾、脓毒症、伤寒等。上述全身感染同时有各自特异的临床特征、细菌学及免疫学异常。临床通过详细询问病史，注意有无尿路刺激症状、肾区压痛、叩击痛。尿沉渣及尿细菌学检查，血液细菌学及免疫学检测可以鉴别。
缺血到一定程度能引起肾乳头坏死。肾乳头坏死的临床表现与典型肾盂肾炎相似，但坏死组织脱落从尿中排出可引起肾绞痛、肾功能不全甚至肾功能衰竭，梗阻也可引起严重的脓毒症。
肾盂肾炎并发肾乳头坏死表现为白细胞尿和尿细菌培养阳性。首选诊断方法是逆行肾盂造影，影像上可见肾乳头不规则，肾盂(肾盏)扩张和造影剂侵入肾实质围绕肾乳头形成月牙形，称为“环形征”。治疗首选广谱抗生素。若坏死组织堵塞输尿管，需通过输尿管膀胱镜取出或置入输尿管支架解除梗阻。
尿路感染与急性尿道综合征临床症状极其相似，但后者尿沉渣镜检正常，尿细菌学检查阴性。急性尿道综合征约占尿路刺激症状的30%，病因不明，其发生可能与局部刺激、性生活导致的创伤、外用避孕药有关，部分患者可能与焦虑性神经官能症有关。
