该病是念珠菌在一定条件下大量增殖引起的感染，好发于有严重基础疾病和免疫力低下的患者。
念珠菌通过黏附于细胞表面逐渐侵入机体，产生水解酶等酶类损伤组织器官，同时激发机体免疫反应，致使炎症产生。念珠菌还可随血流播散至其他组织、器官和系统，从而引起相应疾病。
此外，研究发现，念珠菌通过改变靶酶基因或其胞膜结构而对抗真菌药物产生耐药。
由于宿主局部防御屏障受损或免疫功能缺陷，免疫力降低，使念珠菌能够轻易进入人体而造成感染。
滥用抗生素可抑制人体内的正常菌群，利于念珠菌定植；同时也抑制了抗生素敏感的其他菌株，使念珠菌大量繁殖，从而造成感染。
医疗操作如手术、胃管、导尿管等也为念珠菌入侵机体提供了机会。
