直接镜检

标本发现大量菌丝和成群芽孢具有诊断意义。但菌丝存在提示念珠菌处于致病状态，若在痰液或阴道分泌物中只见芽孢，可能是正常带菌状态，并无诊断意义。

培养

由于呼吸道、胃肠道中有念珠菌存在，故痰培养、粪便培养念珠菌阳性并不能作为诊断依据。但无菌体液如血液、脑脊液、胸腔积液、腹水等培养阳性，是深部念珠菌感染的重要依据。

组织病理学检查

组织中若同时存在芽孢、假菌丝或真菌丝可诊断为念珠菌病。

免疫学和分子生物学检测

酶联免疫吸附试验可检测念珠菌抗原，具有较好的早期诊断价值。核酸检测目前尚未广泛开展。

G试验

即1,3-β-D-葡聚糖检测，主要是对真菌中所含有的1,3-β-D-葡聚糖进行检测，和传统的真菌培养方法相比，这种检测方式更快、阳性率高，可用于深部真菌如白色念珠菌的早期诊断。

影像学检查

X线、B超、CT或MRI等，虽然对诊断念珠菌病没有直接意义，但可以帮助发现念珠菌病导致的某些器官异常损害，如肺、肝、肾、脾损害等。