脑脓肿和颅内多发囊性转移瘤、单发脓肿、囊性胶质瘤、颅内囊肿和肿瘤坏死的鉴别。
隐源性脑脓肿、炎症感染灶不明显，而患者表现为颅压增高及神经定位体征易与脑肿瘤相混淆，另外，部分脑脓肿患者在CT或磁共振成像（MRI）上，环影或强化环影形状不规则，薄厚不均，周围有大范围水肿区常与恶性脑胶质瘤相混淆。
一般脑肿瘤病程较长，无原发感染病灶，必要时可查C-RP或放射性核素标记白细胞行SPECT扫描有助于区别。
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