根据弱精症的不同病因，该病的治疗分为一般性或基础性治疗、病因治疗或称特异性治疗、手术治疗和辅助生殖技术。
患者要保持良好的生活习惯，避免酗酒、吸烟、熬夜、药物滥用等不良生活习惯，平时增加锻炼，营养均衡，注意维生素和微量元素等的摄入。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
主要是用来对已知病因的情况进行治疗，并以改善生育能力。一旦病因明确，如内分泌混乱引起的男性不育，可以采用针对病因的特异性治疗，多数治疗是应该有良好的结果的。
如内分泌异常引起的弱精子症：
性腺炎症引起的弱精症，如睾丸炎、附睾炎等，针对炎症进行抗感染。
很多弱精症找不到原因，这种情况称为不明原因性的弱精子症，这时候可以给予经验治疗，也称为非特异性治疗。
下丘脑-垂体-睾丸轴是一个复杂的精细调节系统，因此在很多水平上正向或者负向负反馈调节男性生殖过程。如促性腺激素释放激素、促性腺激素、抗雌激素治疗等。
用于改善全身或局部微环境，对精子生成以及精子的结构和功能保护有重要意义。天然维生素E是最重要的抗氧化剂之一，能够提高精子的浓度、活力以及形态正常的精子的比例。其他抗氧化药有硫辛酸、谷胱甘肽、乙酰半胱氨酸等。
能够改善全身组织和细胞的代谢能力，且常兼具抗氧化作用，从而改善精子的形成和成熟过程。常用药物为左卡尼汀，能够促进附睾内脂肪酸的转运，提升精子的能量代谢。
提高血管弹性及收缩功能、改善血流状态、增加组织血流量，改善睾丸和附睾的血液循环，从而促进睾丸的生精作用以及附睾内的精子成熟，并且能够增加精子活力。常用的药物有七叶皂苷类、胰激肽原酶等。
精索静脉曲张的患者应接受精索内静脉高位结扎术，对提高精子发生和改善精液质量有确切疗效。
由于一些全身性疾病导致的不育，可能通过对应的手术得到治疗，如垂体瘤手术、甲状腺手术等。
辅助生殖技术（assisted reproductive technology，ART）在近十年来不断发展，绝大部分男性不育症患者均可通过辅助生殖技术达到配偶受孕的目的，常见的有人工授精和体外受精-胚胎移植技术（IVF-ET）。
