引起食管炎的原因很多，化学性刺激包括胃酸、胆汁、烈酒以及强酸强碱、药物等；物理性刺激包括过烫的食物、饮料、食管异物（如鱼刺）、长期放置鼻胃管等；其他少见的原因有感染、放疗以及免疫因素等。
抗反流屏障包括食管下括约肌、膈肌及其附件肌束等。
多种原因可导致抗反流屏障功能异常，包括：食管裂孔疝、贲门手术、腹压增高（如妊娠、肥胖、腹水、呕吐、负重劳动）、胃内压增高（胃扩张、胃排空延迟）等。
此外，某些激素（如缩胆囊素、胰高血糖素、血管活性肠肽等）、食物（如高脂肪食物、巧克力等）、药物（如钙通道阻滞剂、地西泮等）可引起食管下括约肌压力下降。
反流入食管的胃内容物不能及时清除，持续性损伤导致食管炎症。
长期吸烟、饮酒及刺激性食物等，可使食管黏膜抵御反流物的损害能力下降。
放射性食管炎常发生在放射治疗后，尤其是放疗剂量过大时。多因射线本身的电离等作用造成食管损伤。
病因不明，与免疫因素有关，目前普遍认为与IgE（一种免疫球蛋白）介导的变态反应造成的食管损伤或功能紊乱相关。
多为免疫力低下（如行肿瘤化疗后、器官移植后、长期服用激素、患艾滋病等），或长期口服广谱抗生素导致机体菌群紊乱，使一些平时不致病的病原体大量繁殖导致感染，进而损伤食管黏膜。
往往由于患者不正确的服药方式，使药物贴在食管黏膜上，其内的腐蚀性成分导致食管损伤。
常由于误服或吞食具有强刺激作用的化学腐蚀剂，造成食管严重损伤。
吸烟、饮酒、喜吃过冷或过烫食物以及辛辣刺激饮食等均可引起食管防御功能下降。
高脂肪饮食、巧克力、薄荷、咖啡、浓茶、番茄汁、柠檬汁等可以使食管下括约肌压力一过性下降导致胃食管反流。
常见的可以使食管下括约肌压力下降的药物有地西泮、钙通道阻滞剂、抗胆碱能药物、茶碱、麻醉剂、某些避孕药、β肾上腺素受体激动剂（如异丙肾上腺素）等。
如妊娠、肥胖、腹水、呕吐、剧烈咳嗽、重体力劳动等。
平卧位时可加重反流，尤其是餐后胃内压力较高时，更易发生。
直立位由于重力作用可以减轻反流。
