肾结核基本病因为体内其他脏器结核感染播散至肾脏，其中以肺结核最为常见。
诱因为各种原因引起的人体抵抗力下降。
肾结核的病原菌主要来自肺结核，也可来自骨关节结核、肠结核等体内其他器官结核，但相对肺结核少见。
肺结核：肺结核是发生在肺组织、气管、支气管和胸膜的结核病变。肺部结核杆菌经血行播散进入肾脏，侵犯肾小球和肾小管，形成结核病灶，当患者免疫力低下，结核杆菌数量多且毒力大时，病灶不愈合，且会扩大，出现明显症状，发生肾结核。
肾结核的诱因由以下几点：居住环境卫生条件差，自身营养不良，伴有慢性疾病如糖尿病，长期使用免疫抑制剂或糖皮质激素，以及患艾滋病。这些因素都有利于结核的发病。
